Auf dem Kirchengelände stand wahrscheinlich schon seit dem Jahr 1000 eine Kapelle. Um 1400 gehörte Immenstaad mit seinen ca. 350 Einwohnern zur - weit entfernten Pfarrei - Bermatingen. Damals benötigte man ca. 2,5 Stunden, um sonntags dorthin zur Messe zu kommen. Auch die Toten mussten in Bermatingen begraben werden.
Das führte um 1400 dazu dazu, dass sich die Immenstaader unabhängig von der Mutterkirche machen wollten. Dieses Bestreben war erfolgreich und so wurde der Grundstein 1474 für die erste Kirche in Immenstaad gelegt. Kirchenpatron wurde der heilige Jodokus.
Die Kirche wurde 1487 fertiggestellt. Der Kirchturm steht heute noch. Im Juli 1893 wurde in den Kirchturm eine Uhr von der Johann Mannhardt´schen Königlich Bayerischen Hof-Thurmuhren-Fabrik München eingebaut, wo die Uhr bis November 1982 ihren Dienst zuverlässig ihren Dienst verrichtete. 2005 wurde die Mannhardt-Uhr vom Immenstaader Heimatverein als Dauerleihgabe übernommen, mit dem Ziel, die Turmuhr im Zentrum von Immenstaad voll funktionsfähig zu präsentieren. In einem Glaspavillon auf dem Rathausplatz kann dieses historische und mechanische Meisterstück noch heute bestaunt werden.
Das Kirchenschiff war im Laufe der Jahre vielen Veränderungen unterworfen und wurde 1980 abgebrochen, um einen Neubau Platz zu machen. Besonders schön sind die 17 Kirchenfenster aus Buntglas. Diese zeigen u. a. die Schöpfungstage, die Geburt, den Tod und die Auferstehung Jesu Christi. Die letzte Renovierung erfolgte 2016, wo die Stuckdecke überarbeitet, Figuren und Wände gereinigt und die Beleuchtung erneuert wurde.
Ein Besuch der Kirche St. Jodokus lohnt sich in jedem Fall. Der gelungene Mix aus alt und neu sowie klassisch und modern hat seinen ganz eigenen, besonderen Charme.
